摩尔根本来以研究胚胎发育出名。但他在发育生物学没有根本的发现。细胞生物学家威尔森(Edmund B. Wilson)将他从Bryn Mawr女子学院争取到纽约的哥仑比亚大学。1909年,摩尔根给大学生讲动物学的引言,吸引了两位本科生布里基斯(Calvin B. Bridges )和斯德文特(Alfred H. Sturtevant),他们到摩尔根实验室做研究,加上慕勒(Hermann J. Muller)等,实验室主力不过几人。他们1910年发现“白眼”基因并首先确定了特定基因和特定表型的关系,到1915年,已经可以用他们的研究结果书写遗传学的主要内容:他们首先提出基因线性排列,首先建立基因图谱……。他们用的基本策略和方法,迄今仍然广泛应用。
在中国,摩尔根有直接的学术传承。他在Bryn Mawr女子学院培养的研究生博爱理(Alice M. Boring),后来几十年在燕京大学生物系。1926年,他实验室两个中国博士毕业:通过布里基斯培养出的李汝祺、通过斯特文特培养的陈子英。李和陈先在燕京大学工作,李后来长期在北大,陈在厦门大学。1936年在摩尔根实验室师从杜布赞斯基(Theodosius Dobzhansky)获得博士的谈家桢,回中国后在浙江大学和复旦大学工作。目前活跃于海外的许多华裔遗传学家如斯坦福大学的骆利群、耶鲁大学的许田,也是摩尔根学术后裔。