有时候这对人类构成威胁，比如获得抗药性基因的细菌（\"超级细菌(superbugs)\"）。他们此次发现了一个抗药性的基因出现在人类共生菌的六成的基因转移中。这种抗药性基因可能是在工业化农业的抗生素滥用中产生的。牲畜共生菌和人类共生菌中有42个相同的抗药性基因，也就是说这两类细菌共享一个基因库，尽管10亿年的进化早该让牛身上的细菌和人身上的细菌分道扬镳。向动物的食物中加入预防疾病的抗生素，可以促进其生长，防止高密度养殖的牲畜和家禽内部的疾病传播。虽然许多欧洲国家已经明令禁止，但在美国还很普遍。根据联邦药物管理局（the Federal Drug Administration）的报告，2009年在美国销售的3.3千万磅抗生素中80%用于农业，里面就包括通常作为人类药物的青霉素，四环素。
