通过分析固碳细菌cbbL基因文库发现,三个地点的cbbL含有的细菌群落以兼性自养菌为主,如沼泽红假单胞菌,Bradyrhizobium japonicum和氧产碱杆菌。长期施肥导致土壤固碳自养菌种群结构产生了明显差异,NPK和NPKS处理中兼性自养固碳菌群落优势增加,而严格自养固碳菌生长受到抑制。细菌cbbL基因拷贝数(3–8 × 108 copies g soil−1)与稻田土壤固碳关键酶Rubisco活性(0.40–1.76 nmol CO2 g soil−1min−1)活性呈显著相关性,并且随着施肥量的增加而增大。ACC分析表明,土壤有机碳含量和pH是细菌cbbL群落组成、丰度、多样性等最重要的影响因子。