如今,在一项开创性的研究中,来自美国贝丝以色列女执事医学中心等研究机构的研究人员开发出一种新方法来鉴定和确定lncRNA在急性髓细胞白血病(AML)对化疗药物产生耐药性中所起的功能作用。这种新技术将来自公开可获得的药理学数据库的信息与前沿的CRISPR技术相结合,筛选影响治疗反应的编码基因和非编码基因。总而言之,这种全基因组筛查平台可用于鉴定和确定与许多健康情况相关的lncRNA的功能。相关研究结果发表在2018年4月19日的Cell期刊上,论文标题为“An Integrated Genome-wide CRISPRa approach to Functionalize lncRNAs in Drug Resistance”。论文通信作者为贝丝以色列女执事医学中心的Pier Paolo Pandolfi教授。
图片来自Cell, doi:10.1016/j.cell.2018.03.052。
Pandolfi和同事们着重关注控制阿糖胞苷(Cytarabine, Ara-C)耐药性的遗传学特征。阿糖胞苷是治疗AML的一种金标准化疗药物,然而30%~50%的AML患者会产生耐药性。在这项多步骤研究的第一阶段,这些研究人员将来自两个公开可获得的数据库---癌症靶点发现与开发(Cancer Target Discovery and Development)数据库和癌细胞系百科全书(Cancer Cell Line Encyclopedia)数据库---的信息进行交叉参考,以便鉴定出似乎与760种不同的细胞系对阿糖胞苷的敏感性和耐药性相关的基因。
Assaf C. Bester, Jonathan D. Lee12, Alejandro Chavez et al. An Integrated Genome-wide CRISPRa Approach to Functionalize lncRNAs in Drug Resistance. Cell, 19 April 2018, 173(3):649–664, doi:10.1016/j.cell.2018.03.052