癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是一个全球联盟,旨在加速对癌症分子基础的理解。TCGA系统性地收集了来自原发性人类癌症组织的DNA突变、甲基化、RNA表达和其他的综合数据集。TCGA已成为鉴定基因组畸变、发生变化的转录网络和癌症亚型的宝贵资源。尽管如此,这些肿瘤基因调控景观(gene regulatory landscape)在很大程度上是通过间接手段推断出来的。
活性DNA调节元件的一种特征是染色质可接近性(chromatin accessibility, 也译作染色质可访问性)。真核基因组在染色质中被压缩,其中染色质是由DNA和蛋白形成的复合物,仅活性DNA调节元件才能通过细胞中的转录因子等分子机器访问到。一种称为ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing, 即通过高通量测序对转座酶可接近性染色质进行测定)的技术能够通过使用在可接近的染色质位点上插入适配序列(adapter)的转座酶来定量确定DNA可接近性。ATAC-seq能够在全基因组范围内分析协调基因表达程序并赋予细胞身份的转录因子结合事件。
在一项新的研究中,来自美国、巴西和加拿大的研究人员产生了来自TCGA的410种肿瘤样品的高质量ATAC-seq数据,鉴定出13种癌症类型的不同基因调控景观。相关研究结果发表在2018年10月26日的Science期刊上,论文标题为“The chromatin accessibility landscape of primary human cancers”。
在一项新的研究中,来自美国加州大学伯克利分校的研究人员发现定植在小鼠肠道中的细菌主要来自它们的母鼠,而且它们的肠道微生物组(microbiome)组成在多代中几乎保持不变。相关研究结果发表在2018年10月26日的Science期刊上,论文标题为“Transmission modes of the mammalian gut microbiota”。
在一项新的研究中,来自美国斯克里普斯研究所和哈佛医学院的研究人员发现机械敏感性的离子通道PIEZO1和PIEZO2一起是压力感受是所必需的。这两种离子通道是自主神经系统中感觉神经元的血压传感器,其中这些感觉神经元触发感受器反射,即一种有助于保持血压稳定的稳态机制。鉴定出这种压力感受反应的分子身份可能有助阐明动脉压力感受器在维持血压正常(normotension)中的作用,并且可能有助开发治疗心力衰竭的新药物。相关研究结果发表在2018年10月26日的Science期刊上,论文标题为“PIEZOs mediate neuronal sensing of blood pressure and the baroreceptor reflex”。
在许多湖泊中,东非丽鱼科鱼(cichlid)的适应性辐射(adaptive radiation)产生了1200多种物种。在这些物种中,出现了许多趋同特征,包括水平条纹的存在与否。Claudius F. Kratochwil等人证实条纹的出现或丢失与Agrp2基因的变化有关,其中这个基因作为条纹产生的一种启动-关闭开关发挥作用。 这种作用使得条纹能够通过这种适应性辐射快速地和重复地进化出来。
2018年10月27日/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自美国加州大学伯克利分校的研究人员发现定植在小鼠肠道中的细菌主要来自它们的母鼠,而且它们的肠道微生物组(microbiome)组成在多代中几乎保持不变。相关研究结果发表在2018年10月26日的Science期刊上,论文标题为“Transmission modes of the mammalian gut microbiota”。
Andrew H. Moeller1,2,3,*,†, Taichi A. Suzuki2,3, Megan Phifer-Rixey et al. Transmission modes of the mammalian gut microbiota. Science, 26 October 2018, 362(6413):453-457, doi:10.1126/science.aat7164.