自然:人体组织基因活性大规模破译 多数基局部变异影响

邓文龙

作者：Alexis Battle 来源：《自然》

发布时间：2017/10/12 14:06:34

人体组织基因活性大规模破译

大多数的人类基因受局部变异的影响，变异序列靠近受影响的基因。同时还鉴定出有93个基因的表达受到距离较远的变异的影响，包括位于不同染色体上的变异

多数基局部变异影响 少数远不同染

我们能破译所有人体组织的基因活性吗？英国《自然》和《自然·遗传学》杂志发表一系列基因组学论文，全面介绍了基因表达在人体不同组织和不同个体中的差异，这些发现为认识健康组织中基因变异和基因表达的关联带来了新启示，为揭示有关疾病分子的起源提供了新线索。

人类基因组编码指令调控着基因表达，基因表达因细胞类型的不同而存在差异，产生具有不同功能的多样化组织；它们在不同个体中也存在差异。驱动这些差异产生的序列一般处于基因组的非编码区域，它们决定基因表达的方式和时间。但是，目前有关基因调控和基因表达在不同人体组织和个体中的差异的研究仍然有限。

基因型—组织表达（GTEx）研究联盟收集并研究了来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本，涵盖44个组织（42种不同的组织类型），包括31个实体器官组织、10个脑分区、全血、两个来自捐献者血液和皮肤的细胞系，美国博德研究所科学家利用这些样本，分析了基因表达在不同组织和个体中有何差异。他们采用了表达定量性状遗传位点（eQTL）作图法，显示大多数的人类基因受局部变异的影响，变异序列靠近受影响的基因。同时还鉴定出有93个基因的表达受到距离较远的变异的影响，包括位于不同染色体上的变异。

《自然》另一篇论文考察了罕见变异在基因表达中的作用，两篇论文采用GTEx数据，探讨了与基因表达相关联的基因变异如何能调节RNA编辑和X染色体失活现象。在《自然·遗传学》的文章中，作者介绍了GTEx项目的扩展，其为研究遗传差异如何通过分子表型一步步影响人类健康提供了资源。

综合而言，这些成果凸显了源自不同个体和不同组织的数据对于鉴定人类疾病相关变异背后的基因和机制的价值。芝加哥大学科学家在评论文章中称：各方齐心协力，克服了大规模获取人体死后样本所存在的伦理、法律和技术挑战，所生成的广泛数据，使人类向破译基因组调控密码又前进了一步，而基因变异对于基因表达的影响正逐渐变得明晰起来。（来源：科技日报 张梦然）

http://paper.sciencenet.cn/htmlpaper/201710121463435844960.shtm

http://www.nature.com/nature/jou ... oxtrotcallback=true

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3969.html



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邓文龙

软件译:

自然| 文章        开放

对人组织中基因表达的遗传效应

GTEx联盟，        铅分析师：，        实验室，数据分析和协调中心（LDACC） ，        NIH项目管理：，        生物样本采集：，        病理：，        eQTL手稿工作组：，        亚历克西斯战役，        克里斯托弗·D·布朗，        芭芭拉·恩格尔哈特 ＆Stephen B. Montgomery
隶属关系捐款通讯作者
性质 550 ， 204-213 （2017年10月12日） DOI：10.1038 / nature24277
收到 2016年9月8日 公认 2017年9月15日 在线发布 2017年10月11日

抽象
摘要• 简介• 学习设计• 整个人类组织中的表达的QTL • 人类组织中的等位基因特异性表达• 组织共享和特异性eQTLs的• 功能分析顺 -eQTLs • trans -eQTL的功能特征• eQTL的复制• 表达QTL和复杂疾病协会• 讨论• 方法• 参考• 致谢• 作者信息• 扩展的数据图和表• 补充信息
人类基因组分子功能的表征及其在个体间的差异对于鉴定人类遗传性状和疾病基础的细胞机制至关重要。基因型组织表达（GTEx）项目旨在表征人体和个体组织中基因表达水平的变化，其中许多不容易获得。这里我们描述了对44个人体组织的基因表达水平的遗传效应。我们发现局部遗传变异影响大多数基因的基因表达水平，我们进一步鉴定了93个基因和112个基因座之间的染色体间遗传效应。在确定的遗传效应的基础上，我们描述了组织特异性的模式，比较局部和远端效应，并评估遗传效应的功能特性。我们还表明，多组织，多个人数据可用于识别受人类疾病相关变异影响的基因和途径，从而能够对基因调控和遗传基础进行机理解释。

主题： 基因调控 转录组

详细:

http://www.nature.com/nature/jou ... oxtrotcallback=true



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